اوتیت میانی عموماً توسط هموفیلوس آنفلوآنزا و موراکوتا کاتارالیس ایجاد می‌شود، در حالی که پاتوژنز اوتیت میانی اگزوداتیو هنوز نامشخص است. در سال های اخیر، نقش اندوتوکسین در پاتوژنز اوتیت میانی توجه زیادی را به خود جلب کرده است. بسیاری از محققین اندوتوکسین را در اگزودای گوش میانی (MEE) بیماران مبتلا به اوتیت میانی تعیین کرده اند. برنشتاین و همکاران دریافتند که 7 درصد از ترشحات گوش میانی استریل حاوی اندوتوکسین، 67 درصد از ترشحات گوش میانی با کشت منفی حاوی اندوتوکسین بوده و میزان مثبت اندوتوکسین در ترشحات مخاطی گوش میانی بیشتر از ترشحات سروز گوش میانی است.

بسیاری از آزمایش‌ها نشان داده‌اند که بافت همبند زیر مخاطی گوش میانی ضخیم شده، تراکم سلولی افزایش می‌یابد و نفوذپذیری مویرگی در حیوانات آزمایشی که توسط اندوتوکسین مورد حمله قرار می‌گیرند افزایش می‌یابد. تخریب مویرگ ها و نشت سرم ممکن است از علل اصلی اوتیت میانی ناشی از اندوتوکسین تجربی باشد. Nonomura و همکاران اخیراً بر اساس مشاهدات بافت شناسی پیشنهاد شده است که علاوه بر نشت سرم، اندوتوکسین سیستم حمل و نقل موکوسیلیاری طبیعی را نیز تخریب می کند.

گزارش شده است که پس از شروع اوتیت میانی، بروز ناشنوایی حسی عصبی و جدا شدن پرده تمپان بسیار زیاد است. اینکه آیا آنتی ژن ها یا سموم باکتریایی می توانند از غشای پنجره گرد عبور کرده و به گوش داخلی آسیب برسانند، مشخص نیست. آزمایش‌های حیوانی لین جیژن و دیگران نشان داد که اندوتوکسین می‌تواند باعث تغییراتی در عملکرد و ساختار عصب حلزون شود، که نشان می‌دهد ممکن است اندوتوکسین از غشای پنجره‌ای گرد به داخل گوش داخلی نفوذ کند و عواقب اوتیت میانی را ایجاد کند. همچنین گزارش شده است که اندوتوکسین اشرشیاکلی باعث آسیب سمیت به رگ های خونی می شود، متابولیسم آب و یون حلزون حلزون را به طور جدی مختل می کند و منجر به نارسایی انرژی در گوش داخلی می شود که ممکن است عامل مهمی برای اوتیت میانی عارضه با سرما باشد. ناشنوایی لین یوانجینگ و همکاران آزمايش اسمير، كشت باكتريايي و آزمايش Limulus بر روي افيوژن گوش مياني 86 بيمار بزرگسال مبتلا به اوتيت مياني ترشحي انجام شد. نتایج نشان داد که وجود باکتری و اندوتوکسین در حفره گوش میانی اوتیت میانی ترشحی یکی از دلایل مهم بروز افیوژن گوش میانی یا تأخیر افیوژن است.

به طور خلاصه، اندوتوکسین نقش بسیار مهمی در پاتوژنز اوتیت میانی دارد. بنابراین، درمان جامع باید به طور جامع در فرآیند درمان بالینی مورد توجه قرار گیرد. اگر درمان ضد اندوتوکسین به موقع اعمال شود، نه تنها می تواند دوره بیماری را کوتاه کند، بلکه از بروز عوارض نیز می کاهد که یک پیشرفت بزرگ در زمینه پزشکی خواهد بود.