ترکیبات مختلف اندوتوکسین می تواند به سه شکل از فنوتیپ باکتریایی منجر شود، یعنی نوع صاف، نوع خشن و نوع متوسط ​​(که نوع موکوس نیز نامیده می شود). هنگامی که جزء هسته پلی ساکارید کاهش می یابد یا آسیب می بیند، ظاهر کلنی های کشت باکتری خشن است، بنابراین به آن راف جهش یافته (Rough-LPS, R) می گویند که می توان آن را Rb-LPS، Rc-LPS، Rd-LPS، Re نامید. -LPS با توجه به درجه نقص پلی ساکارید هسته، همانطور که در شکل نشان داده شده است .

میکروسکوپ الکترونی اشریشیا کلی LPS با مستعمرات صاف یک ساختار بند ناف باریک است، در حالی که نوع خشن اشریشیا کلی LPS عمدتا یک ساختار دایره ای است. با توجه به طول های مختلف زنجیره قند آن، اثرات بازدارنده فضایی متفاوتی ایجاد می شود که بر روی شناسایی و فاگوسیتوز LPS و CNB توسط سلول های ایمنی بدن تأثیر می گذارد، به طوری که میزبان اثرات ایمنی متفاوتی بر روی آن داشته و بر روی آن تأثیر می گذارد. پاکسازی باکتری ها توسط بدن

زنجیره قند نوع زبر کوتاه است و به راحتی توسط فاگوسیت ها بلعیده می شود، مانند فاگوسیت های شغلی: نوتروفیل ها و ماکروفاژها که به راحتی باکتری های نوع خشن را حذف می کنند. زنجیره قند صاف طولانی است، دارای مانع فضایی است، به راحتی توسط فاگوسیت ها بلعیده نمی شود و با مکمل ترکیب می شود و به راحتی از پاسخ ایمنی بدن به آن فرار می کند.