محلول خنثی لیپوپلی ساکارید را می توان چندین ماه در دمای اتاق نگهداری کرد و فعالیت بیولوژیکی آن تغییر قابل توجهی نمی کند. اگر در دمای 4 درجه سانتیگراد یا در یخچال با دمای پایین نگهداری شود، فعالیت بیولوژیکی آن می تواند برای چندین سال تا چند دهه بدون تغییر باقی بماند. پودر خنثی لیپوپلی ساکارید خشک را می توان در دمای اتاق یا یخچال برای چندین دهه یا بیشتر بدون از دست دادن فعالیت بیولوژیکی خود نگهداری کرد.

هنگامی که لیپوپلی ساکارید در یک محلول اسیدی در دمای اتاق قرار می گیرد، مولکول های آن دچار تخریب جزئی می شوند. این تغییر عمدتاً شامل جدا شدن پیوندهای گلیکوزیدی بین پلی ساکارید و لیپید A و برش پیوندهای لیپیدی A1-گلوکزید است. گرم کردن می تواند این واکنش را تقویت کند. محلول اسید قوی می تواند لیپوپلی ساکارید را در شرایط گرما به طور کامل از بین ببرد.

عوامل قلیایی تأثیر زیادی بر مولکول های لیپوپلی ساکارید، عمدتاً بر مولکول های لیپید A دارند. در این زمان، پیوند استری 4 فسفات روی اسکلت لیپید A و پیوند استری اسید چرب در موقعیت های 3 و 3 به راحتی از بین می روند که می تواند باعث شکافتن مولکول شود. در این زمان، مولکول های تجزیه شده فعالیت اندوتوکسین معمولی خود را از دست می دهند. لیپوپلی ساکاریدها را می توان در شرایط قلیایی قوی به طور کامل از بین برد.